海关是报关公司的主管单位,报关行依法按程序代理客户向海关申报进出口货物(很多工厂和外贸公司有自理报关权)。海关的其它基本职能还包括：监管、征税、统计、缉私。以大鹏海关为例，大鹏海关业务科包括：综合业务科、码头监管科、转关科、调查科、船管科、办公室、人保科、行政财务科。
深圳海关分一线海关和二线海关（有没有三线海关不清楚）。一线海关指申报之后直接可以出境的海关。而二线海关指申报之后必须再通过一线海关再报关才能出口的海关。
深圳海关总署共有几个一线海关：
大鹏海关、蛇口海关、文锦渡海关、皇岗海关、沙头角海关，其中蛇口海关又包括以下几个码头；SCT （SHEKOU）、赤湾（CHIWAN，赤湾码头在凯丰码头对面，现已合并为一家公司对外称赤湾）、妈湾 （MAWAN ）、招港（ZHAOGANG）、东角头（进口码头）。其中中港拖车—陆路口岸：文锦渡、皇岗、沙头角
一线海关当中又分为船运和路运海关，五个一线海关当中大鹏海关和蛇口海关为船运海关，文锦渡海关、皇岗海关、沙头角海关为路运海关。
二线海关如笋岗海关、福田保税区海关等。盐田的怡和仓、文辉物流、马士基物流等保税仓直接向大鹏海关申报。湖北仓、梅园仓、603仓等海关监管仓库向笋岗海关申报。
